Întru realizarea politicii şi strategiilor statului în domeniul protecţiei mediului, autoritatea publică centrală colaborează cu organizaţiile neguvernamentale, iar prin intermediul lor – cu societatea civilă. Actualmente în Republica Moldova sunt înregistrate peste 500 de asemenea asociaţii de mediu.
Principiile de colaborare ale ministerului cu organizaţiile neguvernamentale au fost stipulate începînd cu anul 1996 într-un memorandum semnat şi actualizat în fiecare an, scopul fiind corelarea şi coordonarea activităţilor, concretizării relaţiilor dintre părţi şi stabilirii unor anumite obligaţiuni reciproce.
”Punctul-cheie în Memorandumul, semnat de noi, prevede caracterul deschis și transparent în activitățile de protecție a mediului ale autorităților publice și ale asociațiilor obștești, care este o premisă a încrederii reciproce și a activismului celor preocupați de starea mediului” –  a menționat Ministrul Valeriu Munteanu.În unison, reprezentanții ONG-urilor de mediu și-au expus părerea că participarea societății la procesul de adoptare a deciziilor ce țin de protecțIa mediului va contribui la îmbunătățirea calității documentelor elaborate și la implementarea în practică a acestora.

Asociaţiile de mediu dispun anual de surse financiare din Fondul Ecologic Naţional şi fondurile locale pentru realizarea proiectelor de redresare şi monitorizare a stării mediului, informare a populaţiei privind calitatea şi starea factorilor de mediu, instruire şi educaţie ecologică.